需要對空間進行合理布局，確保空氣凈化系統能夠有效地發揮作用。在空間布局方面，需要考慮到人流、物流、設備安裝等因素，合理劃分區域，避免交叉污染。
百級凈化車間的建筑材料應具備不易產生微粒、不產塵、易清潔、耐腐蝕等特點。一般采用彩鋼板、鋁合金型材、不銹鋼板等材料作為主要承重材料，表面涂裝環氧樹脂漆、聚氨酯漆等防水防腐涂料。對于地面材料，可以選擇環氧樹脂地坪或PVC地坪，防靜電性能好、易于清潔。天花板材料應選擇不易積塵、便于清潔的材料，如鋁合金板、PVC板等。
必須經過初效、中效、高效三級過濾處理的凈化空調系統，保證送入室內的空氣是潔凈空氣，能對室內污染空氣進行稀釋。同時，建筑圍護結構必須保證氣密性良好，建筑表面光滑，不產塵、不積塵、不泄露。
需要保證一定壓力差，防止無塵室內空氣受外界空氣干擾。一般凈化工程潔凈室要求室內與室外的壓差值為5-10Pa。
