潔凈室工程里的中央空調系統在運行過程中應注意檢查溫濕度、正壓值及過濾器，防止達不到潔凈室的要求,同時要不定期吸塵清掃等。凈化空調系統的消聲減振。一般為精密工作間，對減弱噪聲要求較高，凈化空調系統的風壓較高，可能產生的噪聲及振動較大，因此應積極采取有效的消聲減振措施，設置的消聲器要注意其產塵及積塵問題，防止振動噪聲從風管及水管傳遞出來，滿足潔凈室的要求。
潔凈室送風量的恒定實現需要通過以下方式：風機1承擔高效過濾器和送風管路的壓降。風機2主要承擔初、中效過濾器和回風管路的壓降。通過送風流量傳感器控制變頻風機1的轉速來實現恒定送風量。通過新風的一、二次回風流量傳感器控制變頻風機2的轉速來實現新回風比一、二次回風比運行過程中高效過濾器積塵的增加，送風阻力相應增加,增加變頻風機1的轉速，增加風壓維持送風量的恒定。為維持送風量的恒定，要調節回風量，當壓差高于設定值時，減小新風量，增加回風量，反之，增加新風量，減小回風量，即控制新回風比。已知了新風量、熱濕比、風機溫升、送風狀態點，可以推算出一、二次回風量并進行控制，空氣處理過程與常規空調相同。凈化空調系統的維護管理。
空調凈化系統在材料的選用時建議選用不發塵、不易積塵、便于清掃擦拭的的材料制作。風管的材質一般選用無明顯氧化、針孔、麻點和鍍鋅層脫落的優質鍍鋅鋼板又名白鐵風管，在制作中有損壞鍍鋅層處如咬口、折邊、鉚接處及時涂保護漆二道，用冷軋鋼板制作的風管、閥門及附件,銹后涂油漆二道，制作完畢后用無腐蝕性清洗液將內表面油膜和污物清洗干凈，干燥后經檢查達到要求用塑料薄膜及膠帶封口，防止灰塵進入。
總之,潔凈室風管的制作是一個十分重要的工序，清洗后的風管和零配件安裝前不要拆封，安裝時拆開一個端口封膜，隨即連接好一個接頭，如中間停頓需將端口重新封好。在安裝過程中不能嫌麻煩而忽視口部的封閉，致使管中積塵而又不易清洗或擦拭。中效過濾前的送風管、回風管、閥門及附件，一般用冷軋鋼板或鍍鋅鋼板制作，中效過濾器到高效過濾器之間的送風管、閥門及附件，一般采用鋼板或塑料復合鋼板制作，高效過濾器之后的送風管、閥門及附件，一般用鋁合金板、硬塑料板、塑料復合鋼板或鍍鋅鋼板制作或用鋼板制作后鍍鉻。潔凈室送風口裝飾面應用經陽極氧化處理的鋁合金板或塑料板制作。高效過濾器安裝時應嚴密平整,防止因為漏風影響潔凈度。
